Тараптар Университетті құру мақсатына сәйкес Университет қызметін басқару мен оған жауапкершілікті бірдей болғандығын мойындайды. Университет Ректорын (Президентін) Қазақстан Республикасы тағайындайды, оның орынбасарын (I Вице-президентін) Түркия Республикасының Жоғары Білім Кеңесі тағайындайды. Қаржылық құжаттарға қол қою құқығы Ректор (Президент) мен I Вице-президентке бірге жүктеледі. Қазақстаннан тыс жерде орналасқан Университет бөлімдерінің қаржылық құжаттарына қол қою құқығын Өкілетті Кеңес шешеді. Университетті басқарудың тәртібі мен шарттары Өкілетті кеңес бекіткен Жарғыға сәйкес жүзеге асырылады. Жарғы Университет орналасқан мемлекетте мемлекеттік тіркеуден өткен сәттен бастап міндетті болып табылады.