АТҚҚ-ның негізгі міндеттері мен функциялары: 1) ШЫҰ-ның тиісті құрылымдары үшін, сондай-ақ Тараптардың сұраулары бойынша терроризмге, сепаратизмге және экстремизмге қарсы күрес жүргізудегі ынтымақтастықты дамыту туралы ұсыныстар мен нұсқамалар әзірлеу; 2) терроризмге, сепаратизмге және экстремизмге қарсы күресте Тараптардың біреуінің сұрауы бойынша, оның ішінде Конвенция ережелеріне сәйкес Тараптардың құзыретті органдарына көмек көрсету; 3) терроризмге, сепаратизмге және экстремизмге қарсы күрес мәселелері бойынша АТҚҚ-ға Тараптардан келіп түскен ақпараттарды жинау және талдау; 4) АТҚҚ-ның деректер банкін құру, атап айтқанда: халықаралық террористік, сепаратистік және өзге де экстремистік ұйымдар, олардың құрылымдары, серкелері мен қатысушылары, басқа да оларға қатысы бар адамдар, сондай-ақ оларды қаржыландыру көздері мен арналары. Тараптардың мүдделерін қозғайтын терроризм, сепаратизм мен экстремизмнің ахуалы, таралу динамикасы және үрдісі; терроризмге, сепаратизмге және экстремизмге қолдау көрсететін мемлекеттік емес ұйымдар мен адамдар туралы; 5) Тараптардың құзыретті органдарының сұрау салулары бойынша ақпарат беру; 6) мүдделі Тараптардың өтініші бойынша антитеррористік командалық-штабтық және жедел-тактикалық жаттығулар дайындауға және өткізуге көмек көрсету; 7) Тараптардың өтініші бойынша жедел-іздестіру және терроризмге, сепаратизмге және экстремизмге қарсы күрес жөніндегі өзге де іс-шараларын дайындауға және өткізуге көмек көрсету; 8) Конвенцияның 1-бабындағы 1-тармақта көрсетілген әрекеттерді жасаған деп болжанатын адамдарды қылмыстық жауапкершілікке тарту мақсатында халықаралық іздестіруді жүзеге асыруға көмек көрсету; 9) терроризмге, сепаратизмге және экстремизмге қарсы күрес мәселелеріне қатысты халықаралық-құқықтық құжаттарды әзірлеуге қатысу; 10) антитеррористік бөлімшелер үшін мамандар мен нұсқаушылар даярлауға көмек көрсету; 11) ғылыми-практикалық конференцияларды, семинарларды дайындауға және өткізуге қатысу, терроризмге, сепаратизмге және экстремизмге қарсы күрес мәселелері жөнінде тәжірибе алмасуға көмек көрсету; 12) терроризмге, сепаратизмге және экстремизмге қарсы күрес мәселелерімен айналысатын халықаралық ұйымдармен жұмыс байланысын орнату және нығайту.