АТҚҚ өз қызметінде терроризмге, сепаратизмге және экстремизмге қарсы күреске қатысты ШЫҰ-ның шеңберінде қабылданған құжаттар мен шешімдерді басшылыққа алады. АТҚҚ Тараптардың құзыретті органдарымен ақпарат алмасумен қатар өзара іс-әрекет етеді және ШЫҰ-ның басқа да органдарына сұрау салулары бойынша тиісті материалдарды әзірлейді. АТҚҚ деректер банкін құру мен қолдану тәртібі, сондай-ақ тиісті ақпараттарды беруге, алмасуға, қолдануға және қорғауға қатысты мәселелер жекелеген келісімдермен реттеледі.