Хатшылық ШЫҰ-ның тұрақты жұмыс iстейтiн әкiмшiлiк органы болып табылады. Ол ШЫҰ аясында өткiзiлетiн iс шараларды ұйымдық-техникалық қамтамасыз етудi жүзеге асырады, Ұйымның жыл сайынғы бюджетi жөнiнде ұсыныстар әзiрлейдi. Хатшылықты атқарушы хатшы басқарады, оны Сыртқы iстер министрлерi кеңесiнiң ұсынуы бойынша мемлекеттер басшыларының кеңесi бекiтедi. Атқарушы хатшы мүше мемлекеттер азаматтары қатарынан ротациялық негізде мүше мемлекеттер атауының орыс әлiпбиi ретiмен үш жылдық мерзiмге келесi мерзiмге ұзарту құқығынсыз тағайындалады. Атқарушы хатшының орынбасарларын Ұлттық үйлестiрушілер кеңесiнiң ұсынуы бойынша Сыртқы iстер министрлерiнiң кеңесi бекiтедi. Олар атқарушы хатшы тағайындалған мемлекеттің өкiлдерi бола алмайды. Хатшылықтың лауазымды тұлғалары квоталық негiзде мүше мемлекеттер азаматтарының қатарына жалданады. Атқарушы хатшы, оның орынбасарлары және хатшылықтың басқа да лауазымды тұлғалары қызметтік мiндеттерiн атқару кезiнде мүше мемлекеттердiң және/немесе үкiметтердiң қайсысынан болсын, ұйымдардан немесе жеке адамдардан нұсқау сұрауға немесе нұсқау алуға тиiс емес. Олар ШЫҰ алдында ғана жауапты халықаралық лауазымды тұлғалар pетiнде өздерiнiң жағдайына ықпал ететiн кез келген iс-әрекеттен бас тартуы тиiс. Мүше мемлекеттер атқарушы хатшы, оның орынбасарлары және хатшылық қызметкерлерi мiндеттерiнiң халықаралық сипатын құрметтеуге және оларға қызметтiк мiндеттерiн орындау барысында ықпал етпеуге мiндеттенедi. ШЫҰ хатшылығының орналасқан жерi Пекин қаласы (Қытай Халық Республикасы) болып табылады.