ШЫҰ-ның өз бюджетi бар, ол мүше мемлекеттер арасындағы арнаулы Келiсiмге сәйкес қалыптастырылады және атқарылады. Бұл келiсiм, сондай-ақ мүше мемлекеттер үлестiк қатысу принципiнiң негiзiнде Ұйымның бюджетiне жыл сайын қосатын жарнаның мөлшерiн де анықтайды. Бюджет қаражаты жоғарыда аталған Келiсiмге сәйкес ШЫҰ-ның тұрақты жұмыс iстейтiн органдарын қаржыландыруға жұмсалады. Мүше мемлекеттер Ұйым iс-шараларына олардың өкiлдерi мен сарапшыларының қатысуына байланысты шығындарды өздерi көтередi.