Комиссия мынадай функцияларды жүзеге асырады: кеден одағының жоғарғы органы қабылдаған шешімдерді орындайды; кеден одағын қалыптастыру жөніндегі халықаралық шарттардың орындалу мониторингін жүзеге асырады; кеден одағының қалыптастыру және оның жұмыс істеу мәселелері бойынша Тараптар үкіметтерінің қатысуымен кеден одағының жоғарғы органы үшін ұсынымдар әзірлейді; өзінің өкілеттіктері шегінде кеден одағының шарттық-құқықтық базасын қалыптастыратын халықаралық шарттардың іске асырылуын қамтамасыз етеді; Еуразиялық экономикалық қоғамдастықтың Сотына жүгінгенге дейін дауларды кеден одағының шеңберінде реттеуде Тараптарға жәрдем көрсетеді; өзінің өкілеттіктері шегінде Тараптардың мемлекеттік билік органдарымен өзара іс-қимылды жүзеге асырады; кеден одағын қалыптастыру жөніндегі халықаралық шарттардың депозитарийі функциясын атқарады. Комиссияның өз қызметінің нақты салаларындағы функцияларын жүзеге асыру тәртібі мен талаптары Тараптар арасындағы жекелеген халықаралық шарттармен белгіленеді. Кеден одағының және оның органдарының тиімді жұмыс істеуін қамтамасыз ету мақсатында Комиссия жекелеген мәселелер бойынша Кеден одағына мүше мемлекеттердің ұсыныстарын қарау мен ұстанымдарын келісу, сондай-ақ Комиссияға тиісті ұсынымдар дайындау үшін үйлестіруші және консультативтік органдар құруға құқылы. № 489-ІV