Комиссия өзінің өкілеттіктері шегінде Тараптар үшін міндетті сипаты бар шешімдер қабылдайды. Комиссия міндетті сипаты жоқ ұсынымдарды қабылдай алады. Комиссияда Тараптар арасындағы дауыстар мынадай ретпен бөлінеді: Беларусь Республикасы - 21,5; Қазақстан Республикасы - 21,5; Ресей Федерациясы - 57. Шешімдер 2/3 көпшілік дауыспен қабылданады. Егер Тараптардың біреуі Комиссия қабылдаған шешіммен келіспеген болса, мәселе шешімді консенсуспен қабылдайтын мемлекет басшылары деңгейіндегі кеден одағының жоғарғы органының қарауына енгізіледі. Комиссия шешімдерді, егер бұл кеден одағының шарттық-құқықтық базасын қалыптастыратын халықаралық шарттарда көзделген болса да, консенсуспен қабылдайды. Кез келген Тараптың кеден одағының жоғарғы органына Комиссияның шешімін қайта қарау туралы ұсыныс енгізуге құқығы бар. Егер шешімді қабылдау кезінде қажетті дауыс саны жиналмаған болса, Комиссия мәселені кеден одағының жоғарғы органының қарауына беруге құқылы.