Комиссия Комиссия Кеңесі және Комиссия Алқасынан тұрады. Комиссия Кеңесі және Комиссия Алқасы қызметінің тәртібі мемлекет басшылары деңгейіндегі Жоғары Еуразиялық экономикалық кеңес бекіткен Комиссия жұмысының регламентімен (бұдан әрі - Регламент) реттеледі.