Азаматтық қорғаудың мемлекеттік жүйесіне басшылықты:
- 1) республикалық деңгейде – Қазақстан Республикасының Үкіметі;
- 2) аумақтық деңгейде – тиісті әкімшілік-аумақтық бірліктердің әкімдері;
- 3) объектілік деңгейде – ұйымдардың басшылары;
- 4) салалық кіші жүйелерде – орталық атқарушы органдардың және Қазақстан Республикасының Президентіне тікелей бағынатын және есеп беретін мемлекеттік органдардың басшылары жүзеге асырады.