Қала аумағында орналасқан әскери объектiлердi Ресей Қорғаныс министрлiгiнiң (Әскери - ғарыш күштерi) күшi мен қаражаты пайдаланылып күзетiледi. Әскери қызметшiлердiң тәртiп сақтауының тиiстi деңгейiн сақтау мақсатында белгiленген тәртiппен гарнизон және қарауыл қызметi ұйымдастырылатын жабық гарнизон құрылады. Байқоңыр қаласының тәртiп сақтау органдары мен әскери органдардың өзара iс-қимыл жасау тәртiбi Ресей Федерациясының заңдарымен, Қазақстан Республикасы мен Ресей Федерациясы тәртiп сақтау органдарымен өзара iс-қимыл жасауы туралы келiсiмiмен, гарнизон бастығының бұйрығымен белгiленедi.