Өсiмдiктер карантинiнiң негiзгi мiндеттерi мыналар болып табылады:
1) Қазақстан Республикасының аумағын басқа мемлекеттерден немесе карантиндi аймақтан карантиндi объектiлердiң әкелiнуiнен немесе өз бетiмен енуiнен қорғау;
2) карантиндi объектiлердi анықтау, оқшаулау және жою, сондай-ақ Қазақстан Республикасының олар жоқ аймақтарына олардың енуiнiң алдын алу;
3) Қазақстан Республикасының өсімдіктер карантині саласындағы заңнамасының сақталуына мемлекеттік карантиндік фитосанитариялық бақылау және қадағалау жүргізу.