Қазақстан Республикасының аумағында өсiмдiктер карантинi жөнiндегi іс-шараларды жүзеге асырудың принциптерi мыналар болып табылады:
1) Қазақстан Республикасының азық-түлiк және шикiзат қауiпсiздiгiн сақтап тұру және мүлiктi сақтау мақсатында өсiмдiк ресурстары мен өсiмдiк тектi өнiмдердi карантиндi объектiлердiң бүлдiруiнен және жоюынан қорғауды қамтамасыз ету;
2) өсімдіктер карантині саласындағы мемлекеттік реттеу, мемлекеттік карантиндік фитосанитариялық бақылау және қадағалау, Қазақстан Республикасының өсімдіктер карантині саласындағы заңнамасын бұзғаны үшін жауаптылық;
3) өсiмдiк ресурстары мен өсiмдiк тектi өнiмге карантиндi объектiлердiң ықтимал әсерiн объективтi, ғылыми негiздеп бағалау және олардың ықтимал зиянын болғызбау;
4) халықтың, жеке және заңды тұлғалардың, ұйымдардың, мемлекеттiк басқару және жергiлiктi өзiн-өзi басқару органдарының өсiмдiктер карантинi жөнiндегi шараларды орындауға белсене қатысуы;
5) өсiмдiктер карантинi саласындағы халықаралық ынтымақтастық.