Процедура оценки экосистемных услуг включает четыре этапа:
1) определение объема работ и услуг, предоставляемых экосистемами, которые будут испытывать воздействие от намечаемой деятельности физических и юридических лиц;
2) определение фонового состояния – оценка состояния экосистем и экосистемных услуг для экосистем, которые будут испытывать воздействие от намечаемой деятельности физических и юридических лиц, определение пользователей экосистемных услуг и выгод, которые они могут получить от предоставленных услуг;
3) оценка воздействия – определение потенциального воздействия на экосистемы и ее компоненты, экосистемные услуги и их пользователей, значимости этого воздействия и наиболее значимых экосистемных услуг;
4) оценка мер по снижению негативного и остаточного воздействия – определение перечня мер, которые могут быть предприняты для прогнозирования и предотвращения негативного воздействия на наиболее значимые экосистемные услуги, в случаях, когда предотвратить воздействие невозможно, принятие мер по его минимизации; при наличии остаточного воздействия после принятия мер по минимизации предпринимаются меры по его компенсации. Меры по снижению воздействия должны быть направлены на снижение отрицательного воздействия до низкого или несущественного уровня.