Специальный мониторинг включает в себя следующие виды:
1) мониторинг военно-испытательных полигонов – систему наблюдений за загрязнением окружающей среды, обусловленных испытанием военной техники, в том числе ракетной, и вооружения на территории закрытых и действующих военно-испытательных полигонов;
2) мониторинг ракетно-космического комплекса "Байконур" – систему наблюдений за состоянием окружающей среды на территориях, подверженных влиянию ракетно-космической деятельности комплекса "Байконур", организацию функционирования которой осуществляет уполномоченный орган в области космической деятельности;
3) санитарно-эпидемиологический мониторинг, проводимый в соответствии с законодательством Республики Казахстан в области здравоохранения;
4) мониторинг экологической обстановки в зонах чрезвычайной экологической ситуации и зонах экологического бедствия, проводимый в соответствии со статьей 410 настоящего Кодекса;
5) космический мониторинг – систему наблюдений за состоянием окружающей среды с использованием средств дистанционного зондирования Земли из космоса, организацию функционирования которой осуществляет уполномоченный орган в области космической деятельности в соответствии с законодательством Республики Казахстан в области космической деятельности.