Особенностями охраны водных объектов особого государственного значения являются:
1) зонирование и установление водных и экологических нормативов отдельно по зонам;
2) нормирование антропогенной нагрузки на водные объекты и их экологическую систему;
3) учет особенностей водных объектов региона местными исполнительными органами при установлении правил пользования ими;
4) обеспечение комплексности при утилизации отходов производства;
5) защита территории бассейна водного объекта от водной и ветровой эрозий, опустынивания, заболачивания, вторичного засоления, загрязнения отходами производства и потребления и другими веществами;
6) рекультивация нарушенных водных объектов и земель водного фонда;
7) приоритетность природоохранных и санитарно-эпидемиологических попусков воды по руслам водных объектов перед хозяйственными.