Основными направлениями международного сотрудничества в области использования и охраны трансграничных вод являются:
1) защита интересов Республики Казахстан в области использования и охраны трансграничных вод на основе заключения международных договоров;
2) выполнение обязательств Республики Казахстан по ратифицированным Республикой Казахстан международным договорам;
3) участие в гармонизации и сближении водных законодательств приграничных стран в части межгосударственных отношений по трансграничным водам;
4) научно-техническое сотрудничество, совместная разработка и реализация норм, стандартов, проектов и мониторинга в области использования и охраны трансграничных вод.