Механизм межгосударственного сотрудничества в области использования и охраны трансграничных вод предусматривает:
1) обеспечение использования трансграничных вод разумным и справедливым образом с учетом их трансграничного характера при осуществлении деятельности, которая оказывает или может оказывать трансграничное воздействие;
2) использование трансграничных вод на основе их экологически обоснованного и рационального управления, сохранения и охраны окружающей среды;
3) меры по пресечению, предотвращению, ограничению и сокращению загрязнения трансграничных вод, которые не должны вести к переносу загрязнения на другие компоненты окружающей среды;
4) сохранение и в случае необходимости восстановление экологических систем, нарушенных трансграничным воздействием;
5) установление предельных норм сбросов сточных вод, ориентацию на жесткие нормы водосбережения, соответствующие современным техническим достижениям и экономически возможным условиям водопользования;
6) разработку и согласование программ мониторинга трансграничных вод и водных объектов и участие в их реализации;
7) совместное финансовое и техническое участие в управлении, регулировании и охране трансграничных вод;
8) обмен информацией о водохозяйственной обстановке в бассейнах трансграничных рек, оперативное оповещение и взаимную помощь при чрезвычайных водных ситуациях;
9) сотрудничество с сопредельными странами в области унификации нормативной правовой базы, создания единых систем мониторинга, разработки и реализации совместных программ охраны и восстановления трансграничных вод и связанных с ними экологических систем, привлечение для этих целей средств международных организаций;
10) разработку, согласование и осуществление мероприятий по совместной эксплуатации трансграничных вод и водохозяйственных сооружений;
11) создание при необходимости межгосударственного органа по управлению трансграничными водами для совместной реализации межгосударственных и межправительственных соглашений в области использования и охраны трансграничных вод, ратифицированных Республикой Казахстан;
12) создание региональной и национальной базы данных по использованию и охране трансграничных вод;
13) проведение совместных научно-технических исследований по решению водных проблем;
14) иную деятельность, связанную с использованием и охраной трансграничных вод.