Главными задачами ведомства уполномоченного органа и бассейновых инспекций при осуществлении государственного контроля являются обеспечение:
1) взаимодействия и координации деятельности всех министерств, агентств, ведомств, осуществляющих государственный контроль в пределах своей компетенции;
2) наблюдения за состоянием и изменением вод под влиянием хозяйственной или иной деятельности, а также проверки выполнения водоохранных мероприятий;
3) установленного порядка пользования водным фондом и его учета;
4) выполнения обязанностей по охране вод;
5) предупреждения и ликвидации вредного воздействия на водные объекты;
6) контроля по соблюдению всеми физическими и юридическими лицами требований водного законодательства Республики Казахстан, включая соблюдение критериев безопасности водохозяйственных систем и сооружений.