Должностные лица уполномоченного органа осуществляют следующие контрольные функции:
1) выявление и принятие мер по пресечению нарушения требований нормативных правовых актов, определяющих порядок функционирования автомобильного транспорта;
2) контроль за соблюдением законодательства Республики Казахстан о разрешениях и уведомлениях в сфере автомобильного транспорта;
3) контроль за исполнением требований разрешительной системы при организации международных автомобильных перевозок на территории Республики Казахстан в соответствии с международными договорами, ратифицированными Республикой Казахстан;
4) контроль за соблюдением перевозчиками Правил перевозок пассажиров и багажа автомобильным транспортом, недопущение перевозок грузов в салонах автобусов;
6) контроль за проездом автотранспортных средств по территории Республики Казахстан, в том числе за соблюдением отечественными и иностранными перевозчиками допустимых габаритных и весовых параметров автотранспортных средств, установленных на территории Республики Казахстан;
7) контроль за соблюдением перевозчиками Республики Казахстан и перевозчиками иностранных государств законодательства Республики Казахстан об автомобильном транспорте;
8) контроль за соблюдением перевозчиками Республики Казахстан и перевозчиками иностранных государств режима труда и отдыха водителей автотранспортных средств;
9) контроль за соответствием экипировки автотранспортного средства требованиям международных договоров в части наличия и исправности на автотранспортном средстве тахографа;
10) проверку наличия разрешительных документов на регулярные автомобильные перевозки пассажиров и багажа и контроль за соблюдением маршрута и графика движения, а также наличием списка пассажиров при нерегулярных международных автомобильных перевозках пассажиров и багажа;
11) выявление и пресечение осуществления иностранными перевозчиками каботажных перевозок по территории Республики Казахстан;
15) выдачу разрешений на проезд по территории иностранного государства перевозчикам Республики Казахстан в соответствии с международными договорами, ратифицированными Республикой Казахстан;
15-1) выдачу разрешений на проезд по территории Республики Казахстан перевозчикам иностранного государства в соответствии с международными договорами, ратифицированными Республикой Казахстан;
16) выдачу специального разрешения на проезд тяжеловесных и (или) крупногабаритных транспортных средств (включая иностранные) по территории Республики Казахстан;
20) сбор информации об использовании транзитного потенциала, учет интенсивности движения автотранспортных средств, организацию и осуществление передачи накопленной информации в виде отчетных документов установленной формы;
21) взаимодействие с государственными органами Республики Казахстан по вопросам обеспечения безопасности на автомобильном транспорте и автодорогах;
22) выдачу специального разрешения на перевозку опасного груза по территории Республики Казахстан;
23) контроль за сервисными центрами (мастерскими);
24) выдачу свидетельства о допущении транспортного средства к перевозке опасных грузов в международном сообщении.