Уполномоченный государственный орган выполняет следующие основные функции: 1) участвует в работе государственной межведомственной комиссии по вопросам военной службы по контракту; 2) разрабатывает программу и положение о военной службе по контракту и представляет их для утверждения Правительству Республики Казахстан; 3) осуществляет непосредственное руководство приемом граждан на военную службу по контракту, процессом организации и обеспечения военной службы; 4) осуществляет иные необходимые полномочия по вопросам организации и обеспечения военной службы по контракту.