1) формирование и реализация государственной политики в области защиты растений;
2) разработка и утверждение в пределах своей компетенции нормативных правовых актов в области защиты растений;
3) осуществление координации и методического руководства местных исполнительных органов в области защиты растений;
4) разработка и утверждение перечня особо опасных вредных организмов;
5) разработка и утверждение технического регламента о безопасности средств защиты растений (пестицидов);
5-1) выдача заключения (разрешительного документа) на ввоз образцов незарегистрированных средств защиты растений (пестицидов) для проведения регистрационных (мелкоделяночных и производственных) испытаний и (или) научных исследований в соответствии с решениями Коллегии Евразийской экономической комиссии;
5-2) выдача лицензии на импорт средств защиты растений (пестицидов);
5-3) разработка и утверждение порядка проведения расследования в области защиты растений;
6) разработка и утверждение квалификационных требований, предъявляемых к следующим подвидам деятельности по:
7) разработка и утверждение правил проведения регистрационных (мелкоделяночных и производственных) испытаний и государственной регистрации пестицидов по согласованию с уполномоченным органом в области охраны окружающей среды и государственным органом в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия населения;
8) государственная регистрация пестицидов и выдача регистрационных удостоверений на пестициды;
9) разработка, утверждение и ведение списка пестицидов;
10) разработка и утверждение правил проведения фитосанитарных мероприятий;
11) разработка и утверждение форм протоколов и предписаний, а также порядка их составления и вынесения в соответствии с законодательством Республики Казахстан;
12) организация фитосанитарных мероприятий;
13) координация деятельности государственных органов, физических и юридических лиц в проведении фитосанитарных мероприятий;
14) организация и проведение государственных закупок пестицидов, работ и услуг по их хранению, транспортировке, применению, а также создание запаса пестицидов в порядке, установленном законодательством Республики Казахстан;
15) разработка и утверждение фитосанитарных нормативов, форм фитосанитарного учета, а также порядка их представления;
16) организация фитосанитарного мониторинга по вредным и особо опасным вредным организмам;
17) организация регистрационных (мелкоделяночных и производственных) испытаний и государственной регистрации пестицидов;
18) организация и координация, осуществление заказов на прикладные научные исследования в области защиты растений;
19) распределение пестицидов, приобретенных за счет бюджетных средств, по территории Республики Казахстан в зависимости от данных фитосанитарного мониторинга и складывающейся фитосанитарной обстановки;
20) осуществление сотрудничества с международными организациями и государственными органами и участие в реализации международных программ в области защиты растений;
21) установление норматива запаса по видам пестицидов и порядка его использования;
22) организация и осуществление государственного фитосанитарного контроля;
22-1) рассмотрение проектов документов по стандартизации в пределах компетенции, а также подготовка предложений по разработке, внесению изменений, пересмотру и отмене национальных, межгосударственных стандартов, национальных классификаторов технико-экономической информации и рекомендаций по стандартизации для внесения в уполномоченный орган в сфере стандартизации;
23) осуществление контроля за соблюдением законодательства Республики Казахстан о защите растений местными исполнительными органами;
24) определение порядка обезвреживания пестицидов, а также условий содержания специальных хранилищ (могильников) в надлежащем состоянии по согласованию с уполномоченным органом в области охраны окружающей среды и государственным органом в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия населения;
25) утверждение методов, методик, рекомендаций, регламентирующих порядок, способы осуществления фитосанитарных мероприятий, организация, координация и контроль за проведением прикладных научных исследований в области защиты растений, а также согласование программ обучения (учебных программ) по подготовке и повышению квалификации специалистов по защите растений;
26) исключен Законом РК от 29.12.2014 № 269-V (вводится в действие с 01.01.2015);
27) осуществление иных полномочий, предусмотренных законодательством Республики Казахстан.