В компетенцию Главного государственного инспектора по защите растений Республики Казахстан входят:
1) организация и осуществление государственного фитосанитарного контроля за соблюдением требований законодательства Республики Казахстан о защите растений на территории Республики Казахстан;
2) вынесение физическим и юридическим лицам предписаний об устранении выявленных нарушений законодательства Республики Казахстан о защите растений и контроль за их исполнением;
3) организация ведения фитосанитарных учета и отчетности;
4) отбор образцов при осуществлении государственного фитосанитарного контроля;
5) составление протоколов об административных правонарушениях, рассмотрение дел об административных правонарушениях и наложение административных взысканий;
6) осуществление иных полномочий, предусмотренных законодательством Республики Казахстан.