Управление научной и (или) научно-технической деятельностью основывается на следующих принципах:
1) приоритетности научной и (или) научно-технической деятельности в целях повышения конкурентоспособности национальной экономики;
2) прозрачности, объективности и равенства субъектов научной и (или) научно-технической деятельности при получении государственной поддержки;
3) экономической эффективности и результативности государственной поддержки субъектов научной, научно-технической и инновационной деятельности;
4) развития приоритетных направлений фундаментальных и прикладных научных исследований;
5) объективности и независимости экспертизы научных, научно-технических проектов и программ;
6) интеграции науки, образования и производства;
7) подготовки высококвалифицированных кадров по приоритетным направлениям науки и научно-технической деятельности;
8) развития международного научного и научно-технического сотрудничества;
9) стимулирования коммерциализации технологий в приоритетных секторах экономики через предоставление преференций;
10) поощрения и создания условий для участия субъектов частного предпринимательства в развитии научной, научно-технической и инновационной деятельности;
11) стимулирования получения, трансформации знаний в технологии и их трансферта в экономику.