Основными задачами Высшей научно-технической комиссии являются:
1) формирование стратегических задач и приоритетов, направленных на развитие научной, научно-технической и инновационной деятельности;
2) определение приоритетных фундаментальных и прикладных научных исследований по направлениям науки;
3) рассмотрение предложений национальных научных советов;
4) определение и распределение по приоритетным направлениям развития науки объемов финансирования из государственного бюджета на научную и (или) научно-техническую деятельность, за исключением научных, научно-технических проектов и программ, формируемых в рамках государственного оборонного заказа, а также определение объемов финансирования коммерциализации результатов научной и (или) научно-технической деятельности.