Программно-целевое финансирование выделяется на проведение стратегических научных исследований в целях решения стратегически важных государственных задач, в том числе национальных научно-технических задач, и осуществляется на конкурсной основе. Программно-целевое финансирование на проведение прикладных научных исследований в сфере национальной безопасности и обороны, содержащих сведения, составляющие государственные секреты, может быть выделено вне конкурсных процедур по решению Правительства Республики Казахстан.