В компетенцию отраслевого уполномоченного органа входят:
1) участие в разработке предложений и реализации государственной политики в области науки и научно-технической деятельности, координация работы по проведению научных исследований в соответствующей отрасли;
2) участие в формировании приоритетных направлений фундаментальных и прикладных научных исследований в соответствующей отрасли;
3) организация разработки научных, научно-технических проектов и программ, финансируемых из государственного бюджета, и осуществления их реализации в соответствующей отрасли;
4) утверждение отчетов по выполненным научным, научно-техническим проектам и программам в соответствующей отрасли, финансируемым из государственного бюджета;
4-1) участие в разработке правил организации и проведения государственной научно-технической экспертизы;
4-2) участие в разработке правил аккредитации субъектов научной и (или) научно-технической деятельности;
4-3) внесение в уполномоченный орган предложений по кандидатурам для включения в составы национальных научных советов и согласование их составов;
4-4) участие в разработке положения о национальных научных советах;
4-5) внесение в уполномоченный орган предложений по формированию перечней субъектов базового финансирования и научных организаций, осуществляющих фундаментальные научные исследования согласно статье 27-1 настоящего Закона;
4-6) участие в разработке правил базового и программно-целевого финансирования научной и (или) научно-технической деятельности, а также грантового финансирования научной и (или) научно-технической деятельности и коммерциализации результатов научной и (или) научно-технической деятельности, финансирования научных организаций, осуществляющих фундаментальные научные исследования;
7) осуществление иных полномочий, предусмотренных настоящим Законом, иными законами Республики Казахстан, актами Президента Республики Казахстан и Правительства Республики Казахстан.