1) издает нормативные правовые акты по вопросам обеспечения защиты Государственной границы;
2) определяет порядок установления инфраструктуры Государственной границы;
3) определяет правила категорирования Государственной границы;
4) устанавливает пределы пограничной полосы, карантинной полосы и пограничной зоны;
5) определяет порядок выдачи пропусков на въезд и пребывание в пограничной полосе;
6) устанавливает исходные линии, а также географические точки (с указанием основных геодезических данных) для определения внешнего предела территориальных вод;
7) вводит временные ограничения или прекращает пересечение Государственной границы на отдельных ее участках;
8) принимает решение об установлении карантинной зоны с введением карантинного режима или его отмене на территориях двух и более областей;
9) определяет правила открытия (закрытия), функционирования (эксплуатации), категорирования, классификации, обустройства, а также требования по техническому оснащению, модернизации и организации работы пунктов пропуска, сервисной инфраструктуры;
10) утверждает перечень пунктов пропуска;
10-1) определяет иные места, где осуществляется пропуск через Государственную границу;
10-2) по согласованию с Комитетом национальной безопасности Республики Казахстан определяет порядок освобождения от прохождения пограничного, таможенного и иных видов контроля при пересечении Государственной границы в отношении железнодорожных транспортных средств, следующих безостановочно транзитом через Республику Казахстан;
10-3) определяет порядок проведения пограничного, таможенного и иных видов контроля при пассажирских перевозках железнодорожным транспортом, осуществляемых в пути следования;
11) устанавливает требования к обозначению и оборудованию участков путей международного железнодорожного и автомобильного сообщения от Государственной границы до пунктов пропуска, порядок следования по ним, а также требования к оборудованию казахстанской части периметра международного центра приграничного сотрудничества, расположенного на Государственной границе;
12) определяет порядок выдачи разрешений на неоднократное пересечение Государственной границы казахстанскими судами для ведения промысловой деятельности во внутренних и территориальных водах, рыболовной зоне и над континентальным шельфом, пространственные и временные пределы действия разрешений, а также порядок осуществления контроля за указанными судами;
12-1) определяет порядок выдачи разрешений на неоднократное пересечение Государственной границы казахстанскими и иностранными судами и казахстанскими воздушными судами, задействованными в операциях по недропользованию и обеспечении операций по недропользованию, пространственные и временные пределы действия разрешений, а также порядок осуществления контроля за указанными судами;
13) по представлению местных исполнительных органов, согласованному с Комитетом национальной безопасности Республики Казахстан и Министерством внутренних дел Республики Казахстан, устанавливает перечень приграничных территорий, входящих в пограничную зону, где может исключаться или приостанавливаться действие отдельных ограничений, входящих в пограничный режим;
14) устанавливает перечень видов хозяйственной и иной деятельности, осуществляемой в пунктах пропуска;
15) определяет формы, размеры, описание, конструкцию и порядок установки пограничных знаков;
16) устанавливает морские коридоры и схемы разделения движения в территориальных водах;
18) утверждает правила привлечения граждан к защите Государственной границы в пределах пограничного пространства;
19) осуществляет иные полномочия, предусмотренные Конституцией , законами Республики Казахстан и актами Президента Республики Казахстан.