В компетенцию Главного государственного ветеринарно-санитарного инспектора Республики Казахстан и его заместителей входят:
1) издание обязательных к исполнению актов с целью осуществления государственного ветеринарно-санитарного контроля и надзора на территории Республики Казахстан, а также на границе и транспорте;
2) выдача разрешений на экспорт, импорт и транзит перемещаемых (перевозимых) объектов с учетом оценки эпизоотической ситуации на соответствующей территории;
3) вынесение решения об отстранении от должности главного государственного ветеринарно-санитарного инспектора области, города республиканского значения, столицы и его заместителя, а также государственных ветеринарно-санитарных инспекторов на ветеринарных контрольных постах на срок до выяснения причин, послуживших основанием для отстранения;
3-1) принятие решения о распределении ветеринарных препаратов из республиканского запаса;
4) организация и осуществление государственного ветеринарно-санитарного контроля и надзора в пограничных и таможенных пунктах (пунктах пропуска через Государственную границу Республики Казахстан, совпадающую с таможенной границей Евразийского экономического союза), а также в иных местах перемещения товаров через таможенную границу Евразийского экономического союза, расположенных на территории Республики Казахстан в пределах автомобильного сообщения, и иных местах, определенных уполномоченным органом.