В компетенцию главного государственного ветеринарно-санитарного инспектора города республиканского значения, столицы и его заместителя входят:
1) организация и осуществление государственного ветеринарно-санитарного контроля и надзора на территории города республиканского значения, столицы, включая ветеринарные контрольные посты;
2) издание обязательных к исполнению актов с целью осуществления государственного ветеринарно-санитарного контроля и надзора на территории города республиканского значения, столицы;
3) утверждение списка государственных ветеринарно-санитарных инспекторов, имеющих право выдачи ветеринарного сертификата на перемещаемые (перевозимые) объекты при экспорте;
3-1) утверждение списка государственных ветеринарно-санитарных инспекторов, имеющих право выдачи ветеринарно-санитарного заключения на объекты государственного ветеринарно-санитарного контроля и надзора;
4) исключен Законом РК от 29.09.2014 № 239-V (вводится в действие по истечении десяти календарных дней после дня его первого официального опубликования);
5) организация и ведение ветеринарного учета и отчетности и представление их в порядке, установленном законодательством Республики Казахстан в области ветеринарии;
6) вынесение решения об отстранении от должности государственных ветеринарно-санитарных инспекторов на территории города республиканского значения, столицы на срок до выяснения причин, послуживших основанием для отстранения.